La FÉÉ est dirigée par un conseil fédéral élu par l’assemblée générale des délégués des associations membres.

Le conseil fédéral contrôle la conformité des associations à la législation des accueils de mineurs et au projet éducatif de la fédération. Il organise la formation des cadres et des animateurs. Il rassemble les associations autour d’activités communes. Il soutient leur développement et leur qualité pédagogique.

Il gère la communication de la FÉÉ, les relations avec le ministère de tutelle, les administrations, les autres mouvements de scoutisme et les organismes partenaires. Il étudie et valide ou non les demandes d’agrément et promeut la création de nouvelles associations locales.
Le conseil fédéral sollicite l’avis du conseil des présidents et chefs de groupe des associations membres pour toute décision importante.

Les associations locales restent maîtresses de leurs finances, de leur organisation interne et de la mise en œuvre des activités dans la mesure où elles sont conformes au projet éducatif et aux textes réglementaires de la FÉÉ.

FEE

Les fonctions de direction pédagogique et de direction administrative et les relations avec le conseil fédéral et les organismes extérieurs locaux,  peuvent se cumuler ou bien se répartir entre le chef de groupe et le président du conseil d’administration ou d’autres responsables, selon l’organisation interne de chaque association locale.

Une équipe de bénévoles parents et amis adultes peut participer à diverses tâches de gestion et de soutien, sans interférer avec l’animation pédagogique des chefs et cheftaines. Un conseil d’administration composé de bénévoles élus, (chefs, parents ou amis) gère le fonctionnement administratif et la trésorerie de chaque association dans le cadre d’institutions démocratiques et prend les décisions conformes aux statuts et au règlement intérieur propres à chaque association.